Dawno dawno temu, również miałem okazję jeździć taką Aprilią RS 50 AM6, nie 5.
A co do twojego przypadku to jest kilka możliwości:
brak boryga w układzie chłodzenia
zaklejone kanały chłodzące
zastosowanie niewłaściwego materiału do uszczelniania
błędnie zmieniony tłok z cylindrem
możliwe złe pasowanie
zatkane rury chłodzące
zatkana chłodnica
Sugeruje sprawdzić od najtańszych możliwych. LwG